2062年，为了轨道电梯的所有权，地球分为两大阵营互相争夺；主角桂木桂隶属的自由宇宙军，计划以新研发的D兵器“时空震动弹”破坏轨道电梯的能源供应，但是行动遭遇到敌对阵营的猛烈炮火而不得不撤退。危急中怒火中烧的桂木桂，启动了尚未调整好的时空震动弹，结果引发了始料未及的时空混乱，造成多元世界同时出现互相混合，并形成了“相克界”；桂木桂也因此被卷入震波而时空转移，来到了事件发生的20年后的混乱时空世纪20年。 桂木桂被埃曼人（エマーン）的商队寻获并一同行动，但是桂木桂由于身为修复混乱时空的关键“特异点”，成为各势力争夺的目标；在不断战斗与寻求解决之道的同时，桂木桂官校的同窗欧森竟然出现在眼前，并且与他兵戎相见；桂木桂甚至还见到了自己未来的女儿雅典娜。桂木桂最终将面对新旧交杂的世界，并试图修复时空混乱的局面。而桂木桂终于发现，要想让时空回归正轨的最后手段，竟是得前往当初时空震动弹启动前那一刻的时空中，并杀死当时的自己…

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

我们再一次追随冒险的冒险经历，在“戈尔收藏家”的洞穴中，一个令人难以置信的高度痛苦忍受。在戈尔收藏家的“血碉堡”的深处，这位变态的程序员对一些最具标志性的满月电影的一些最血腥的时刻进行了不间断的震撼处理。

三年前在网络世界被奥米加兽打败的超恶魔兽重生，并不断地产生自己的婴儿期，婴儿期的超恶魔兽通过手机、电脑等入侵现实世界，在现实世界形成数码蛋，最后超恶魔兽出现在现实世界，连最强的奥米加兽被打败。。。。